主要是对前面的文章，“Samtools命令详解”博文的一个补充，整理，更全面，有一些新版本的东西！其实把前面全包含进来了。 一、 SAMtools和BCFtools简介SAMtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集，包含有许多命令。BCFtools主要是用来操作vcf和BCF文件的工 ...

简介文件后缀名:.sam bwa、Bowtie2是现下最流行的短序列比对软件，SAM(Sequence Alignment/Map)格式是一种通用的比对格式，用来存储reads到参考序列的比对信息。SAM是一种序列比对格式标准，由sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列ma ...

一、BWA 简介BWA，即Burrows-Wheeler-Alignment Tool。BWA 的学习主要来自参考网站和使用手册；BWA 是一种能够将差异度较小的序列比对到一个较大的参考基因组上的软件包。它由三个不同的算法：123BWA-backtrack: 是用来比对 Illumina 的序列的， ...

一、Jellyfish简介JELLYFISH是CBCB(Center for Bioinformatics and Computational Biology)的Guillaume Marçais 和 Carl Kingsford 研发的一款计数 DNA 的 k-mers 的软件。该软件运用 Has ...

可以参考我后面一篇博文，更加全面：SAMtools和BCFtools工具详解 samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 ...